Conocido por haber sido uno de los seis miembros del grupo cómico británico Monty Python.

También llegó a ser famoso como el presentador de la BBC que aparecía sentado frente a un escritorio en lugares tan extraños como una calle, una playa o un camión, y que decía la frase «And now for something completely different» («y ahora algo totalmente diferente»), que convirtió en eslogan de los Monty Python.

Cleese abandonó el grupo después de que finalizara la tercera parte de la serie de Monty Python's Flying Circus en 1973, aunque volvió al año siguiente para tomar parte en la película Los caballeros de la mesa cuadrada y sus locos seguidores. Es probablemente el miembro del grupo Monty Python que más éxitos ha cosechado en el cine, donde ha trabajado en numerosas películas, como Un pez llamado Wanda —Los enredos de Wanda en otros países hispanohablantes—, Criaturas feroces, Harry Potter y la piedra filosofal, The World Is Not Enough y Die Another Day, entre otras.​ Ha participado también en series televisivas, la más famosa de las cuales es Fawlty Towers.