En 2016 fue uno de los integrantes del thriller 11.22.63, distribuido por la plataforma Hulu y producido por Stephen King.​ En marzo volvió al teatro para participar en la obra The Caretaker, dirigida por Matthew Warchus y en la que compartió tablas con Timothy Spall y Daniel Mays. Ese mismo año estrenó la película Captain Fantastic, donde interpretó a Bodevan Cash, hijo mayor de Ben Cash interpretado por Viggo Mortensen.

En 2017 se estrenó la película El secreto de Marrowbone dirigida por el español Sergio G. Sánchez, en la que MacKay interpreta a uno de los cuatro hermanos protagonistas de la cinta. En 2018 participó en hasta tres películas: Where Hands Touch, de la directora británica Amma Asante,​ Been so Long, película musical de Tinge Krishnan,​ y Ophelia, una versión de Hamlet dirigida por Claire McCarthy.